MUHAMMADIYAH BOARDING SCHOOL KARANGKAJEN (MBS KARANGKAJEN) ADALAH SALAH SATU PESANTREN DENGAN SISTEM PENDIDIKAN MODEREN DIBAWAH NAUNGAN PIMPINAN DAERAH MUHAMMADIYAH KOTA YOGYAKARTA.
MBS KARANGKAJEN LAHIR UNTUK MERESPON ANIMO MASYARAKAT YANG INGIN MENYEKOLAHKAN PUTRINYA KE PONDOK PESANTREN YANG BERBASIS MUHAMMADIYAH. DISAMPING ITU, DIMAKSUDKAN UNTUK MENDULANG PRESTASI DI BIDANG AKADEMIK.
DI BAWAH BIMBINGAN PARA TOKOH MUHAMMADIYAH YANG HANDAL DAN PENGAWASAN LANGSUNG DARI PDM KOTA YOGYAKARTA, SERTA SEMANGAT YANG TINGGI PARA PENGELOLA. MBS KARANGKAJEN DIHARAPKAN MAMPU MELAHIRKAN KADER PERSERIKATAN YANG BERAQIDAH SHOLIHAH, BERAKHLAK KHARIMAH, BERJIWA ULAMA, MUJAHID, DAN UNGGUL DALAM PRESTASI.
DENGAN DIKEMBANGKANYA SISTEM PENDIDIKAN BOARDING SCHOOL YANG TELAH DIMODIFIKASI, DIHARAPKAN MBS DAPAT IKUT MEMBERIKAN KONTRIBUSI DALAM MENCIPTAKAN KADER PERSERIKAN YANG UNGGUL.
MBS KARANGKAJEN JUGA MENGEDEPANKAN KEDISIPLINAN DAN USWAH HASANAH, SEHINGGA PARA SANTRI DIHARAPKANMENDAPAT TELADAN DALAM BERBAGAI ASPEK KEHIDUPAN.